Las principales líneas de investigación que orientan las indagaciones de los investigadores del INVEL son principalmente las de Castellano andino; Análisis linguístico de lenguas andinas y amazonas; Las lenguas andinas-amazónicas: extinción, revitalización idiomática y literaturas, etc. Estas líneas orientan estudios interdisciplinarios.
Además de las líneas indicadas, la investigación en el INVEL extiende su campo de acción e incluye estudios enfocados en el influjo de las nuevas tecnologías de la información, su ámbito de aplicación y las consecuencias en el terreno educativo. Por consiguiente, las líneas específicas son las de Tecnología de la información y desarrollo de la investigación académica y científica, y Comunicación por sistema de señas y otros no verbales.
Finalmente, dos proyectos de indagación se encarmacan en las siguientes líneas: Redacción y comprensión lectora en lenguas modernas y clásicas (ambos proyectos relativos a tales procesos en castellano).