El 7 de julio de 1579, se instituyó el funcionamiento de la Cátedra de la Lengua General de los indios en la primera Universidad limeña. El primer conductor fue el Dr. Juan de Balboa, quien se constituyó, en la época Virreinal, en el primer catedrático de la Lengua Quechua en la Universidad Real y Pontificia de Lima.
Históricamente, le siguieron muchos clérigos; y el último, en la época republicana, fue el Dr. Teodoro Meneses Morales, nombrado por Consejo de Facultad el 17 de mayo de 1946. Inicialmente esta Cátedra servía para fines eminentemente evangelizadores, puesto que los religiosos de la época asumían que la mejor forma de convertir a la «verdadera religión» a los indígenas era a través de la propia lengua. Posteriormente, la Cátedra quedó invalidada por muchos años.
El año 2004, durante la gestión del Dr. Julio César Krüger, la Cátedra de Lengua Quechua fue reactivada mediante Resolución de Decanato N.º 185-D-FLCH-04 de fecha 24 de marzo de 2004, ratificada por Resolución Rectoral N.º 0271-R-04 de fecha 13 de mayo de 2004, cuya titularidad fue conferida por el Consejo de Facultad a la Dra. Isabel Gálvez Astorayme, docente principal del Departamento de Lingüística y de vasta experiencia en los estudios de dialectología andina, específicamente la relacionada con el quechua. La finalidad de tal reactivación se sustentó en la necesidad de que nuestro claustro propugne la validación y desarrollo de las lenguas minoritarias en nuestro país.
Durante la segunda gestión del Dr. Marco Martos Carrera, se instituye la Cátedra de Lengua Quechua como una entidad dependiente del Decanato de Letras, con la finalidad de incentivar la importancia del conocimiento de la lengua quechua.
La Cátedra de Lengua Quechua tiene por finalidad capacitar profesores y alumnos en el uso y enseñanza del quechua desde una óptica interdisciplinaria que fomente la investigación y la discusión de los temas relacionados a la lengua y cultura quechua, ya que el objetivo de enseñanza es promover el análisis y valorar su aprendizaje como elemento imprescindible para explicar la identidad cultural andina, así como la variedad dialectal del español hablado, por las influencias que ejerce el Quechua como substrato del español regional.